Der BdSJ ist eine selbständige Jugendorganisation des BHDS (Bund der Historischen Deutschen Schützenbruderschaften. Bei der Gründung des BdSJ hieß der heutige Bund noch „Erzbruderschaft vom Heiligen Sebastianus“. Erst 1967 wurde sie durch heutigen Namen ersetzt.) Der BdSJ wurde 1963 gegründet und dem Diözesanverband Münster angegliedert. Dieser ist inzwischen als gemeinnützig anerkannte Bund der Sebastianus Schützenjugend Diözesanverband Münster e.V. ist ebenso wie der BHDS in drei Landesbezirke gegliedert.
Das bisher fast nur über „Altschützen“ geschrieben wurde ist nicht weiter verwunderlich.
Obwohl der BdSJ in der Diözese Münster schon 1963 gegründet wurde, wurden die Jungschützen doch nur von den Altschützen respektiert, hatten aber so gut wie keine, wie man heute so schön sagt, „Lobby“. Man sah sie eben nur als Jugendliche an, die ihr eigenes Süppchen kochen wollten. Und dann kosten die auch noch Geld. Das war knapp und woher sollte man es nehmen? Um an Geld aus dem Landesjugendplan und vom bischöflichen Jugendamt der Diözese Münster zu kommen war es notwendig, sich einem anerkannten Jugendverband anzuschließen. Mit der Deutschen Jugendkraft (DJK) wurde ein Freundschaftsabkommen geschlossen. Diese wiederum waren Mitglied im Bund der Katholischen Jugend (BDKJ). Nach langen Verhandlungen mit dem BDKJ wurden der BdSJ dann Mitglied im BDKJ und damit auch als Träger der freien Jugendhilfe anerkannt und konnten auch Geldmittel aus dem Landesjugendplan und von der Diözese erhalten, was wiederum bedeute, dass sie auch über eigene Geldmittel verfügen konnten auf welche die Altschützen nicht zurückgreifen können.
Immer wieder kam es zu heftigen Meinungsverschiedenheiten zwischen Jung- und Altschützen bezgl. der Finanzen. Doch allmählich wurde den Altschützen klar, dass hier eine Jugend heranwächst auf die man sich voll verlassen kann und die durch ihr Arrangement dafür sorgte, dass man sich um Zukunft des Schützenwesens keine allzu große Sorgen machen musste. Sie waren in der Lage, durch bezuschusste Jugendarbeit an Gelder zu kommen über die sie selbst Verfügungsrecht hatten. Natürlich alles unter den strengen Augen der Altschützen im Bund der Historischen Deutschen Schützenbruderschaften der Diözese Münster.
Ende des Jahres 1969 wurde beschlossen, dass die Führungskräfte ab Bezirksebene aufwärts alle 5 Jahre neu gewählt werden müssen. So wurden in allen Bezirken, Landesbezirken, Diözesanverbänden und auf Bundesebene die Führungskräfte gewählt, die dann von den Altschützen in ihren Ämtern bestätigt wurden.
Erster Diözesanjungschützenmeister wurde Helmut Heinrichs aus dem Bezirksverband Moers.
